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藍景科信河北生物科技有限公司
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喜報！DAP-seq文章6連發(fā)，總IF 95.22024/08/06
2024年4月29日，河北農業(yè)大學林學院李保國山區(qū)產業(yè)開發(fā)與林果產業(yè)創(chuàng)新團隊與園藝學院田義教授團隊聯合西北農林科技大學馬鋒旺教授團隊及沈陽農業(yè)大學馬躍教授團隊在PlantBiotechnologyJournal（影響因子10.1）上發(fā)表了題為“TheMdVQ37-MdWRKY100complexregulatessalicylicacidcontentandMdRPM1expressiontomodulateresistancetoGlomerellaleafspotinapples”的研究論文
DAP-seq助力揭示OsbZIP10-OsGIF1分子模塊調控稻米品質的作用機制2024/07/19
水稻是世界重要的糧食作物，全球約有三分之一的人口以水稻為主食。隨著人口的增長和飲食結構的改變，在對水稻產量的需求不斷增加的同時，對稻米品質的追求也在不斷提高。稻米品質包括食味品質、外觀品質和營養(yǎng)品質等多個方面，其中，直鏈淀粉含量是影響食味品質的重要因素之一。然而，稻米的食味和外觀品質的調控機制復雜，至今只闡明了一部分。2024年7月9日，上海市農科院、安徽農業(yè)大學、浙江大學海南研究院等多家單位聯合在ThePlantJournal（影響因子6.2）發(fā)表了題為“Transcriptionfactor
客戶文章 | DAP-seq技術助力揭示MdWRKY75調控蘋果耐熱性的分子機制2024/07/04
2024年6月12日，西北農林科技大學作物抗逆與高效生產全國重點實驗室/園藝學院蘋果抗逆與品質改良創(chuàng)新團隊馬鋒旺教授/李超課題組在植物學期刊ThePlantCell（影響因子10）在線發(fā)表了題為“TheMdHSC70-MdWRKY75modulemediatesbasalapplethermotolerancebyregulatingtheexpressionofheatshockfactorgenes”的研究論文，揭示了MdHSC70-MdWRKY75模塊調控MdHsfs參與蘋果耐熱性的新機制
文章分享 | seq-DAP-seq和ChIP-seq聯合檢測揭示花發(fā)育器官轉錄因子調控機制2024/06/28
技術簡介MADS轉錄因子的同源蛋白SEPALLATA3(SEP3)和AGAMOUS(AG)是調控擬南芥花發(fā)育分化的重要DNA結合蛋白。在雌蕊發(fā)育階段，SEP3和AG形成異源四聚體，通過識別CArG-box序列來調控基因的表達。Seq-DAP-seq技術與ChIP-seq聯合使用，可用于分析轉錄因子的DNA結合域與基因組的互作。文獻速遞2020年發(fā)表在NucleicAcidsResearch上的“Genome-widebindingofSEPALLATA3ａndAGAMOUScomplexesde
文章分享 | Ribo-seq與RNA-seq聯合分析揭示uAUG-ds翻譯調控機制2024/06/14
技術簡介RNA-seq主要從轉錄組水平分析基因的表達調控機制，檢測用于核糖體翻譯的RNA序列及二級結構。Ribo-seq主要用于檢測核糖體翻譯的起始位置、翻譯富集區(qū)和翻譯終止位置。RNA-seq與Ribo-seq聯合分析可以準確檢測mRNA上游5’UTR區(qū)的uORFs翻譯調控結構，揭示生物模式觸發(fā)免疫下的翻譯調控機制。文獻速遞2023年發(fā)表在Nature上的“PervasivedownstreamRNAhairpinsdynamicallydictatestart-codonselection”
文章分享 | 基于翻譯組學技術揭示小麥籽粒發(fā)育過程中的翻譯調控機制2024/06/06
2023年發(fā)表在ThePlantCell上的“Thetranslationallandscapeofbreadwheatduringgraindevelopment”文章，發(fā)現了上游開放閱讀框（uORFs）、下游開放閱讀框（dORFs）和長鏈非編碼RNA中的開放閱讀框（lncORFs）等翻譯元件上新的翻譯調控事件。文章主要結論包括：l許多功能基因的翻譯以階段特異性的方式進行調節(jié)。l小麥籽粒中廣泛存在的開放閱讀框（ORF）表達活躍。小麥籽粒發(fā)育中，上游開放閱讀框（uORFs）作為翻譯調控元件可以抑
楊樹miRNA在調控楊樹抗旱中的分子機制2024/05/28
2024年3月6日，林木遺傳育種全國重點實驗室、北京林業(yè)大學生物科學與技術學院尹偉倫與夏新莉教授課題組在NewPhytologist（中科院一區(qū)，影響因子9.4）期刊發(fā)表了題為“ThemiR6445-NAC029moduleregulatesdroughttolerancebyregulatingtheexpressionofglutathioneS-transferaseU23ａndreactiveoxygenspeciesscavenginginPopulus”的研究論文，揭示了miR644
EMSA助力揭示楊樹扦插生根中LBD16介導通路的保守性2024/05/17
2023年6月15日，北京林業(yè)大學林金星研究組、李曉娟研究組，中國科學院徐麟研究組聯合在TheInnovationLife期刊上在線發(fā)表了題為“TranscriptomeframeworkofrootregenerationrevealstheconservationoftheLBD16-mediatedpathwayinpoplarcuttings”的文章，揭示了楊樹扦插中不定根再生的轉錄組圖譜，并通過EMSA等一系列實驗證明了LBD16在促進不定根再生方面的保守作用。扦插再生不定根是一種非常
DAP-seq助力揭示GhRCD1促進棉花對鎘的耐受調節(jié)機制2024/04/29
鎘（Cd2+）是環(huán)境中最常見的有害重金屬之一，嚴重威脅作物生產力和質量以及食品安全。Cd2+容易被植物從土壤中吸收，并通過可食用的植物器官和谷物進入食物鏈，對食品質量、糧食安全和公共安全構成威脅。植物修復是減少土壤污染的有效途徑之一。棉花作為一種重要的非食用經濟作物，與糧食作物（小麥、水稻和玉米）、油料作物（花生和大豆）和蔬菜（豆類、黃瓜和番茄）相比，在修復土壤Cd2+污染方面具有天然優(yōu)勢，避免了Cd2+進入食物鏈的風險。因此，探究棉花響應鎘脅迫的調控機制至關重要。2024年1月16日，中國農業(yè)
DAP-seq助力揭示轉錄因子在草地貪夜蛾Bt抗性中重要作用2024/04/25
2024年4月6日，武漢生物工程學院生命科學與技術學院劉磊磊課題組在InternationalJournalofBiologicalMacromolecules（中科院一區(qū)，影響因子8.2）期刊在線發(fā)表了“ContributionofthetranscriptionfactorSfGATAetoBtCrytoxinresistanceinSpodopterafrugiperdathroughreductionofABCC2expression”的研究論文。該團隊利用DAP-seq等技術闡明了轉錄
DAP-seq與RNA-seq聯合分析助力揭示AvERF73參與調控低氧應答和甲羥戊酸途徑2024/04/24
澇害（Waterlogging）是長期陰雨或暴雨后，由于地表積水，地面徑流不能及時排除，積水深度過大，時間過長，造成作物根部氧氣不足，并產生乙醇等有毒有害物質，從而影響作物生長，甚至造成作物死亡，造成農業(yè)減產的災害。獼猴桃（ActinidiachinensisPlanch）也稱奇異果，原產于中國。目前已經躋身于世界主流消費水果之列。獼猴桃可以預防老年骨質疏松，防治動脈硬化，改善心肌功能，防治心臟病，也能對抗癌起作用。2024年2月2日，中國農業(yè)科學院鄭州果樹研究所果樹生長發(fā)育與質量控制重點實驗室
文章分享：應用Ribo-seq技術量化tRNA對乳腺癌細胞轉移的調控2024/04/10
技術簡介Ribo-seq，又稱為RibosomeProfiling或者翻譯組測序，能夠對與核糖體結合并正在被翻譯的約30nt的mRNA片段進行測序，詳細檢測體內的翻譯狀態(tài)，Ribo-seq是連接轉錄組學與蛋白質組學之間的橋梁。該技術可構建癌細胞全基因組水平上蛋白翻譯圖譜，量化蛋白質翻譯效率，為基因表達轉錄后調控研究提供支持。2016年發(fā)表在Cell上的“ModulatedExpressionofSpecifictRNAsDrivesGeneExpressionａndCancerProgressi
DAP-SEQ體外蛋白表達載體構建protocol2024/03/26
在表觀遺傳學研究中，尋找轉錄因子的調控位點是困擾科學家的難題，經典的ChIP-seq技術存在很多弊端，最主要的是抗體問題，對于非模式植物更難入手。與ChIP-seq相比，DAP-seq將蛋白質體外表達技術與高通量測序技術相結合，不需要針對每個轉錄因子制備特異性抗體，所以DAP-seq具有快速、高通量、節(jié)約時間成本等顯著優(yōu)勢。DAP-seq是研究非模式植物順反組和表觀組的有力技術，大大擴展和加深了科學家們研究的轉錄因子結合位點信息。它能夠捕獲全部轉錄結合位點，因此能獲得完整的密碼本。并且，DAP-
DAP-seq新技術助力轉錄因子研究2024/03/06
一、DAP-Seq（DNA親和純化測序）技術問世2016年5月，來自美國Salk研究所的科學家們在Cell期刊發(fā)表題為“CistromeａndEpicistromeFeaturesShapetheRegulatoryDNALandscape”的文章（IF=28.71）。該研究開發(fā)了一項新技術：DAP-Seq（DNA親和純化測序），用于快速繪制轉錄因子調控靶向DNA區(qū)域的圖譜：順反組（cistrome）的蛋白質結合區(qū)域的景觀圖。構建完整的順反組和表觀組圖譜（epicistromemaps）是闡明生
Ribo-seq：檢測正在翻譯的mRNA信息，連接轉錄組學與蛋白質組學的橋梁2024/03/05
技術原理蛋白質是生命活動的主要承擔者,翻譯調控又是細胞內重要的調控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導蛋白質合成的過程,是基因表達的關鍵步驟。翻譯的過程受到嚴格的調控,很多疾病與翻譯異常相關,比如神經退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等。雖然核糖體的結構與功能研究的比較透徹,但是對于翻譯過程的調控機理還需要深入研究。核糖體印跡測序(Ribosomeprofiling,Ribo-seq)，能夠詳細檢測體內的翻譯狀態(tài)。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸
DAP-seq鑒定BcERF070下游靶基因，揭示乙烯調控小白菜開花機制2024/02/22
不結球白菜（Pak-choi），俗稱小白菜，是一種原產于中國的多葉狀蔬菜，已逐漸在世界范圍內種植。小白菜易于早熟的特性，限制了生長發(fā)育和產量積累。因此，了解小白菜的開花調控機制對育種和產業(yè)具有重要意義。2024年1月25日，南京農業(yè)大學白菜系統(tǒng)生物學實驗室的研究成果發(fā)表在PlantPhysiology期刊上（影響因子7.4），題目為“ETHYLENERESPONSEFACTOR070inhibitsfloweringinPak-choibyindirectlyimpairingBcLEAFYex
DNA pull down技術助力揭示AP2/ERF類轉錄因子提高芍藥耐高溫能力的分子機制2024/01/31
芍藥是一種傳統(tǒng)的中藥材，并且具有欣賞價值，其生長發(fā)育經常受到高溫脅迫的影響。褪黑素是一種內源性微分子吲哚胺化合物，在各種生物體中具有多種生理功能，大量研究表明調節(jié)與褪黑素生物合成相關的基因來提高植物對高溫的耐受性。之前的研究中PlTDC被確定為P.lactiflora中褪黑素生物合成的關鍵基因。然而，關于內源性褪黑素與P.lactiflora耐高溫之間的關系以及潛在的遺傳機制的更深入的研究尚未報道。2022年5月19日，揚州大學園藝與植物保護學院陶俊和趙大球教授團隊共同在Plant,Cell&E
應用HaloTag pull-down技術鑒定了與胡楊CPK21互作的重金屬脅迫相關蛋白2024/01/29
鎘(Cd)污染因其毒性在全球范圍內造成了嚴重的生態(tài)問題，重金屬對植物造成的傷害除了離子毒害效應，還會影響植物的水分狀況，造成植物生理干旱。當前，干旱也已成為全球農林業(yè)生產和發(fā)展的重大威脅。胡楊（Populuseuphratica）是廣泛分布于我國西北干旱、鹽堿地區(qū)的一種高大喬木，具有很強的抗旱耐鹽能力，并且能夠吸收和積累重金屬，是研究樹木抗逆生理和分子機制的重要模式樹種。鈣(Ca2+)是植物感知生物和非生物脅迫的典型信號分子，Ca2+信號和cpk對廣泛的環(huán)境刺激做出反應，并協(xié)調信號網絡和生理反應
轉錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協(xié)同調控桃果實成熟2024/01/22
2023年11月22日，浙江大學張波教授課題組研究成果，發(fā)表在PlantPhysiology期刊上（影響因子7.4），文章題目為TranscriptionfactorPpNAC1ａndDNAdemethylasePpDML1synergisticallyregulatepeachfruitripening。該研究使用了DNA親和純化測序（DAP-seq）技術鑒定了PpNAC1轉錄因子的結合基序和靶基因。研究發(fā)現轉錄因子PpNAC1和DNA去甲基酶PpDML1協(xié)同調節(jié)桃果實中乙烯合成、果肉軟化和風
DAP-seq技術助力揭示MdBPC2轉錄因子調控生長素的合成從而調控蘋果性狀2024/01/15
植物生長素（IAA）在植物生長發(fā)育過程中起著重要的作用。其化學本質是吲哚乙酸。主要作用是使植物細胞壁松弛，從而使細胞生長伸長，在許多植物中還能增加RNA和蛋白質的合成。目前BARLEYBRECOMBINANT/BASICPENTACYSTEINE(BBR/BPC)轉錄因子家族在擬南芥和水稻中已被證實能促進誘導植物矮化(Sazukaetal.2009;Lietal.2008Monfaredetal.2011;Simoninietal.2012;Petrellaetal.2020)，然而在蘋果中，B
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