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利用dDAP-seq技術(shù)解析轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合特性2025/03/07: 文章名稱：DoubleDAP-sequncoveredsynergisticDNAbindingofinteractingbZIPtranscriptionfactors期刊：Naturecommunications發(fā)表時間：2023年5月5日一、研究背景轉(zhuǎn)錄因子（TF）相互作用對基因表達(dá)的組合調(diào)控至關(guān)重要，bZIP轉(zhuǎn)錄因子的二聚化對其功能發(fā)揮意義重大，但同源和異源二聚體在DNA結(jié)合和功能特異性方面的分子機(jī)制尚不清楚。此前研究多使用合成寡核苷酸，無法充分體現(xiàn)基因組的序列多樣性和結(jié)合位點(diǎn)背景。為深

motif分析工具——MEME-CHIP2025/03/03: 揭秘基因調(diào)控的鑰匙：深度解析MEME-CHIP，你的motif分析神器你是否好奇基因是如何被精確調(diào)控的？DNA中的“密碼片段”——motif，正是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的關(guān)鍵位點(diǎn)，它們?nèi)缤蜷_關(guān)，控制著生命活動的節(jié)奏。今天，我們將帶你認(rèn)識一款強(qiáng)大的motif分析工具M(jìn)EME-CHIP，從功能亮點(diǎn)到實操指南，一文掌握！一、Motif分析：為什么選擇MEME-CHIP？Motif是DNA、RNA或蛋白質(zhì)中頻繁出現(xiàn)的短序列模式，能通過結(jié)合其他分子調(diào)控基因表達(dá)。目前主流工具包括HOMER（HomerSoftwa

客戶文章 ▏DAP-seq技術(shù)助力揭示水稻氮素吸收直接途徑和菌根途徑的新機(jī)制2025/02/24: 2025年2月18日，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)徐國華、陳愛群教授團(tuán)隊在PNAS期刊(IF=9.4)上發(fā)表了題為“OsNLP3ａndOsPHR2orchestratedirectａndmycorrhizalpathwaysfornitrateuptakebyregulatingNAR2.1-NRT2scomplexesinrice”的研究論文，該研究利用DAP-seq技術(shù)，系統(tǒng)的闡明了兩個轉(zhuǎn)錄因子OsNLP3和OsPHR2協(xié)同調(diào)控硝酸鹽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白復(fù)合體NAR2.1-NRT2s介導(dǎo)的氮素吸收直接途徑和菌根途徑的分

Deepseek問答：我篩選到一個植物轉(zhuǎn)錄因子，如何進(jìn)行后續(xù)的實驗設(shè)計2025/02/14: 很多用戶驚奇地發(fā)現(xiàn)，頂級域名ai·com被定向到DeepSeek。如今在瀏覽器地址欄輸入ai·com，用戶會直接打開DeepSeek登錄頁面。那么，DeepSeek到底對我們科研工作者有什么樣的助益呢？小編也來提出一個問題，實際上手來體驗一下。答：一、基礎(chǔ)驗證與生物信息學(xué)分析1.基因與蛋白結(jié)構(gòu)驗證序列比對：通過NCBIBLAST確認(rèn)基因序列準(zhǔn)確性，比對同源物種的轉(zhuǎn)錄因子（如AP2/ERF、MYB、bHLH家族）。結(jié)構(gòu)域分析：使用InterPro、Pfam等工具預(yù)測DNA結(jié)合域（如鋅指、Leu

[2024年DAP-seq客戶文章盤點(diǎn)]致敬每一篇文章的作者2025/02/08: 2025年的第一個工作日，小編踏著晨光，心中充滿了新的希望和期待。街道上，冬日的寒風(fēng)被溫暖的陽光所驅(qū)散，仿佛預(yù)示著這一年的美好開端。我每一步都踏得堅定而有力，心中默念著新年的目標(biāo)與夢想。推開公司的大門，伴隨著熟悉的同事們的問候聲，一盆綠植在陽光下顯得格外生機(jī)勃勃，仿佛也在歡迎我的歸來。打開電腦，屏幕上跳出的新年祝福郵件讓我不禁微笑，心中涌起一股暖流?；厥?024年，小編初入藍(lán)景科信團(tuán)隊，回憶這一年工作的點(diǎn)點(diǎn)滴滴，看到團(tuán)隊取得的成績，感受到了工作的意義和樂趣。2024年，我們團(tuán)隊與客戶老師攜手共進(jìn)

DAP-seq助力揭示蘋果MYB54轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控細(xì)胞壁防御機(jī)制2025/01/15: 2024年12月11日，西北農(nóng)林科技大學(xué)馬鋒旺-李超團(tuán)隊在ThePlantJournal期刊（IF=6.2）發(fā)表了題為“MdMYB54reducesdiseaseseveritycausedbyFusariumsolaniinapplebymodulatingcellwallcelluloseａndpectatelyase-dependentdefense”的研究論文，該文章借助DAP-seq技術(shù)，揭示了蘋果MYB54轉(zhuǎn)錄因子通過調(diào)節(jié)細(xì)胞壁纖維素和果膠裂解酶依賴的防御機(jī)制以減輕病害。研究背景蘋果

Cytoscape-基礎(chǔ)使用手冊2025/01/08: 文章標(biāo)題：IdentificationofplasmamiR-4505,miR-4743-5pａndmiR-4750-3pasnoveldiagnosticbiomarkersforcoronaryarterydiseaseinpatientswithtype2diabetesmellitus:acase-controlstudy發(fā)表年限：2024年期刊：CardiovascularDiabetology影響因子：8.5研究背景2型糖尿?。═2DM）和冠狀動脈疾病（CAD）是常見的共存臨床疾病，

利用picoMeRIP-seq技術(shù)揭示m6A修飾在小鼠卵母細(xì)胞和胚胎發(fā)育早期的重要作用2025/01/08: N6-甲基腺苷（m6A）是真核生物中RNA最常見的內(nèi)部修飾，在多種生物過程，如RNA穩(wěn)定性、剪接、轉(zhuǎn)運(yùn)和翻譯中發(fā)揮關(guān)鍵調(diào)控作用。但檢測所需大量的RNA阻礙了哺乳動物早期胚胎中的m6A分析。本研究通過應(yīng)用低起始量的甲基RNA免疫沉淀和測序技術(shù)（picoMeRIP-seq），成功繪制了小鼠卵母細(xì)胞和著床前胚胎中N6-甲基腺苷（m6A）修飾的動態(tài)圖譜，揭示了m6A修飾在調(diào)控早期胚胎發(fā)育、基因表達(dá)、母體到合子轉(zhuǎn)換過程中的關(guān)鍵作用，以及m6A通過在逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子衍生的RNA上的富集來維持基因組穩(wěn)定性和細(xì)胞特

Polysome Profiling助力揭示小核仁RNA SNORA13調(diào)控細(xì)胞衰老的分子機(jī)制2024/12/30: 【中文題目】一個小核仁RNA(SNORA13)在核糖體生成和衰老中的非經(jīng)典作用研究【文章題目】Anon-canonicalroleforasmallnucleolarRNAinribosomebiogenesisａndsenescence【發(fā)表期刊】Cell（影響因子45.5）【發(fā)表時間】2024年8月22日【研究團(tuán)隊】美國德克薩斯大學(xué)JoshuaT.Mendell團(tuán)隊【研究概要】細(xì)胞衰老是一種由各種應(yīng)激引起的不可逆的細(xì)胞周期停滯狀態(tài)，包括異常的癌基因激活、端粒縮短和DNA損傷。通過全基因組篩選

DAP-seq——藍(lán)景科信（無需特異性抗體，無需轉(zhuǎn)基因材料，省時省力）2024/12/25: 無需針對每種蛋白制備特異性抗體，無需構(gòu)建轉(zhuǎn)基因體系，高通量檢測轉(zhuǎn)錄因子及DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點(diǎn)。藍(lán)景科信為您提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)和個性化數(shù)據(jù)分析，具有100多個物種，2000多個轉(zhuǎn)錄因子的實驗經(jīng)驗，已協(xié)助很多客戶成功發(fā)表文章。例如：MolecularPlant，ThePlantCell，PlantPhysiology，PlantBiotechnologyJournal，JournalofIntegrativePlantBiology，NewPhytologist，Cell等。在基因

客戶文章|DAP-seq助力揭示SmHSFA8調(diào)控茄子耐熱性機(jī)制2024/12/23: 2024年12月17日，華南農(nóng)業(yè)大學(xué)園藝學(xué)院曹必好教授團(tuán)隊在Plant,Cell&Environment（中科院一區(qū)Top期刊，影響因子7.6）在線發(fā)表了題為SmHSFA8enhancestheheattoleranceofeggplantbyregulatingtheSmEGY3-SmCSD1moduleａndpromotingSmF3H-mediatedflavonoidbiosynthesis的研究論文。該文章借助DAP-seq技術(shù)探究了SmHSFA8通過調(diào)控SmEGY3-SmCSD1模塊

WGCNA分析流程及內(nèi)容解讀2024/12/06: 文章標(biāo)題：通過WGCNA和機(jī)器學(xué)習(xí)識別和驗證與免疫和氧化應(yīng)激相關(guān)的糖尿病腎病診斷標(biāo)記物發(fā)表年限：2023年期刊：FrontiersinImmunology影響因子：5.7研究背景：糖尿病腎病（DN）以蛋白尿、高血壓和腎功能進(jìn)行性減退為特征，是發(fā)達(dá)國家終末期腎病最常見的病因，造成了嚴(yán)重的社會和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。研究表明，隨著全球糖尿病發(fā)病率的上升，DN患者的人數(shù)也在不斷增加，預(yù)計在未來20年左右的時間里，全球糖尿病發(fā)病率將從5.37億人上升到7.83億人。與此相反，目前的治療方案強(qiáng)調(diào)腎素-血管緊張素系統(tǒng)阻

文章分享 | 基因沙漠：調(diào)控Shox2基因多效性表達(dá)與胚胎發(fā)育的關(guān)鍵區(qū)域2024/11/20: 文章題目：AgenedesertrequiredforregulatorycontrolofpleiotropicShox2expressionａndembryonicsurvival發(fā)表時間：2024.10.10發(fā)表平臺：NatureCommunications影響因子：IF14.7Q1DOI:10.1038/s41467-024-53009-7研究背景Shox2基因是一個重要的轉(zhuǎn)錄因子，在多個組織和器官的發(fā)育中起著關(guān)鍵作用。特別是在顱面、顱神經(jīng)、中/后腦和肢體等區(qū)域的發(fā)育中，Shox2基因的

客戶文章 | DAP-seq助力揭示番茄抗酸鋁分子調(diào)控新機(jī)制2024/10/23: 2024年10月2日，云南農(nóng)業(yè)大學(xué)園林園藝學(xué)院營養(yǎng)逆境與品質(zhì)改良楊建立/范偉團(tuán)隊在HorticultureResearch期刊(IF=7.6)上在線發(fā)表題為“SlST0P1-regulatedSlHAK5expressionconfersAltoleranceintomatobyfacilitatingcitratesecretionfromroots”的研究論文。該研究通過DAP-seq和RNA-seq在全基因組水平挖掘了番茄抗酸鋁核心轉(zhuǎn)錄因子SlST0P1互作位點(diǎn)，明確了受SlST0P1直接

RNA Pull Down和RIP的技術(shù)應(yīng)用2024/10/15: RNAPullDown和RIP的技術(shù)應(yīng)用：ELF18誘導(dǎo)的lncRNAELENA1與MED19a互作增強(qiáng)擬南芥免疫反應(yīng)植物和動物在自然環(huán)境中都面臨著被各種微生物感染的風(fēng)險。與動物一樣，植物也演化出了一套模式識別受體（PRRs），這些受體能識別整個微生物病原體類別的分子特征，進(jìn)而啟動先天免疫反應(yīng)。本文鑒定了擬南芥中一種長非編碼RNA（lncRNA）-ELENA1，通過InVitroRNAPull-Down、RIP等技術(shù)揭示了ELENA1調(diào)控擬南芥抗病性的機(jī)制。1、ELENA1通過受體依賴途徑表達(dá)為

客戶文章 | DAP-seq助力揭示MYC2轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控銀杏萜內(nèi)酯生物合成的分子機(jī)制2024/10/09: 銀杏萜內(nèi)酯是銀杏中重要的天然藥用活性成分，具有抗血栓、抗炎、治療心腦血管疾病和預(yù)防阿爾茨海默病等藥理活性，也是血小板活化因子的強(qiáng)拮抗劑。萜內(nèi)酯在銀杏中的含量極低，難以滿足醫(yī)藥行業(yè)的需求，限制了銀杏產(chǎn)業(yè)的發(fā)展和臨床應(yīng)用。因此，弄清銀杏萜內(nèi)酯基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，可為培育高萜內(nèi)酯含量銀杏優(yōu)良品種提供作用靶點(diǎn)和理論基礎(chǔ)。2024年8月9日，HorticultureResearch在線發(fā)表了長江大學(xué)許鋒教授課題組題為ThetranscriptionfactorMYC2positivelyregulatester

翻譯組學(xué)研究技術(shù)介紹和應(yīng)用2024/10/09: 翻譯組學(xué)簡介轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)能夠評估蛋白質(zhì)的表達(dá)水平，然而，越來越多的研究結(jié)果表明，mRNA的豐度和蛋白質(zhì)的豐度存在較大差異。這主要是由于在翻譯過程中存在復(fù)雜的調(diào)控機(jī)制。蛋白質(zhì)可以通過質(zhì)譜技術(shù)直接量化蛋白質(zhì)的豐度，但無法檢測出mRNA的翻譯效率和蛋白質(zhì)的合成速率。因此，迫切需要一種創(chuàng)新性技術(shù)，成為轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的重要橋梁和樞紐。因此，翻譯組學(xué)恰逢其時地應(yīng)運(yùn)而生。在核糖體上以mRNA為模板進(jìn)行翻譯的示意圖翻譯組學(xué)(Translatomics)是一種對核糖體結(jié)合的RNA進(jìn)行捕獲和測序的技術(shù)，通過對正

客戶文章 | DAP-seq助力揭示GhSBI1調(diào)控棉花果枝節(jié)間伸長的分子機(jī)制2024/09/26: 2024年7月26日，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所張永山研究員團(tuán)隊在PlantBiotechnologyJournal（影響因子10.1）雜志上發(fā)表了題為“GhSBI1,aCUP-SHAPEDCOTYLEDON2homologue,modulatesbranchinternodeelongationincotton”的文章，該研究借助DAP-seq和轉(zhuǎn)錄組等技術(shù)，鑒定了GhSBI1下游靶標(biāo)基因，揭示了其對棉花果枝節(jié)間伸長的抑制作用機(jī)制。研究背景：棉花（Gossypium）是世界上主要的天然纖維來源，

文章分享 | 翻譯調(diào)控增強(qiáng)神經(jīng)系統(tǒng)中細(xì)胞類型的區(qū)分2024/09/24: 文章標(biāo)題：翻譯調(diào)控增強(qiáng)神經(jīng)系統(tǒng)中細(xì)胞類型的區(qū)分發(fā)表年限：2024年研究背景對基因轉(zhuǎn)錄和翻譯的精準(zhǔn)調(diào)控可以定義細(xì)胞的特殊形態(tài)和功能。利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)鑒定差異表達(dá)基因，在轉(zhuǎn)錄水平揭示細(xì)胞多樣性調(diào)控機(jī)制研究已有很多報道，但是翻譯水平的調(diào)控機(jī)制對細(xì)胞類型影響仍有待闡明。在本文中，作者以果蠅為研究模型，聚焦于頭部的神經(jīng)元細(xì)胞與神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞。這兩類細(xì)胞都由同一種神經(jīng)干細(xì)胞分化而來，神經(jīng)元細(xì)胞的主要功能是突觸和電信號傳導(dǎo)，而神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞的作用是形成血腦屏障并充當(dāng)免疫細(xì)胞。盡管兩類細(xì)胞類型不同，它們的轉(zhuǎn)

新技術(shù)！蛋白質(zhì)與RNA互作研究新技術(shù)：RNA親和純化測序（RAP-seq）2024/09/11: 蛋白質(zhì)和RNA是具有緊密關(guān)系的生物分子，能夠通過物理相互作用參與完成細(xì)胞的周期并調(diào)控細(xì)胞的生物學(xué)過程。如果干擾了它們的正常相互作用，將會導(dǎo)致細(xì)胞功能紊亂，影響植物的生長發(fā)育。因此，研究RNA與蛋白質(zhì)的相互作用，對于理解細(xì)胞內(nèi)分子調(diào)控機(jī)制和植物的生長發(fā)育機(jī)理具有重要意義。以蛋白質(zhì)為中心鑒定與蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA，傳統(tǒng)的方法是使用特異性抗體進(jìn)行免疫共沉淀，鑒定出與蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA，比如RNAimmunoprecipitations（RIP）、Cross-linkingａndimmunoprecipi

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