抗體基因的突變導(dǎo)人可以是隨機的，也可以在特異性位點上。隨機導(dǎo)人突變?yōu)楹唵?，而且也不需要推測哪個位點是提高親和力的佳突變位點。隨機突變更接近體內(nèi)的體細胞高突變過程。導(dǎo)人隨機突變的一種常用方法是鏈改組。這種方法是兩條鏈（VH和VL）中的一條被先固定并與另外一條鏈的基因文庫結(jié)合產(chǎn)生1個次級文庫，再從中尋找更佳配對。另外一些隨機突變方法包括易錯PCR、DNA改組或在大腸桿菌突變株中繁殖噬菌體。對于半抗原，這些方法可以使親和力大幅增加（可達300倍）；但對于蛋白質(zhì)抗原，僅會有一個溫和的提高（小于10倍）。隨機突變的一個限制是：有關(guān)調(diào)節(jié)親和力的突變定位方面有價值的信息相當匱乏。在高親和力結(jié)合性抗體的序列中會顯示多個突變位點，但不能確定哪些能提高親和力而哪些沒有作用甚至實際上起到負面作用。如果抗體親和力提高不能達到預(yù)期效果，那么這些有關(guān)突變的信息就可以用來對續(xù)后的突變進行指導(dǎo)。此外，由于隨機突變被導(dǎo)人到框架區(qū)，那么當抗體用于治療時，這種方法就可能產(chǎn)生免疫原性的問題。再用DNA改組去除有害或不必要的突變，會大程度地減小此問題的影響。
另外，也可以用合成的寡核苷酸在抗體基因特異性區(qū)域?qū)送蛔?。需要確定的是：哪些殘基需要突變。這是因為僅僅5個氨基酸的隨機化就需要3．4×107個克隆，才能*覆蓋序列空間。有幾個研究小組顯示將突變定位于互補決定區(qū)域（CDR）是提高抗體親和力的有效手段。這個方法的作用在于在體內(nèi)體細胞高突變時，與框架區(qū)殘基相比，突變更優(yōu)先集中于CDR。這些CDR突變的定位可以與原始抗體文庫中多樣性產(chǎn)生的位置互補。不過需要注意的是，有許多CDR殘基，尤其是位于VHCDR3和VLCDR3區(qū)域的殘基，關(guān)乎抗原抗體之間的高能作用。因此，許多情況下，此區(qū)域突變可消除其結(jié)合抗原的能力。為了更有效利用序列空間，我們更傾向于采用對野生型殘基有偏好的核苷酸混合物，從而使無用結(jié)構(gòu)的數(shù)目降至低。CDR區(qū)突變可以通過引入新的接觸點，或用更適宜接觸點取代那些低親和力或“排斥性”接觸點。然而，似乎無論體內(nèi)體細胞高突變還是體外隨機突變導(dǎo)人的多個突變，對親和力所施加的影響都是間接性的。它們通過對CDR或者接觸點殘基的側(cè)鏈進行重新定位，來優(yōu)化與抗原間的相互作用。