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引物設計要遵循什么原則?

來源:北京百奧創(chuàng)新科技有限公司   2023年11月03日 14:10  

對于剛接觸分子生物學實驗的小伙伴們來說,如果做一些與基因相關的實驗的話,肯定離不開最基礎的實驗——PCR,目前大家使用PCR技術做的最多的就是對基因/物種的鑒定、基因的克隆、基因表達量測定等實驗。今天百奧創(chuàng)新將介紹PCR引物設計要遵循什么原則。
1、引物長度一般在15-30bp。常用的為18-27bp,因為過長會導致其延伸溫度大于74℃,不適于Taq DNA聚合酶進行反應;

2、引物GC含量一般為40%-60%, 45-55%為宜,GC含量過高或過低都不利于引發(fā)反應,上下游引物GC含量和Tm值要保持接近,一般Tm值不超過5℃。

3、引物所對應的模板序列的Tm值在55-80℃之間,最好為72℃左右。

4、引物的延伸是從3′端開始的,不能進行任何修飾,且 3’端的堿基一般不用A;引物3’端出現(xiàn)3個以上的連續(xù)堿基,如GGG或CCC,或者引物3’端的互補、二聚體或發(fā)夾結構也可能導致PCR反應失敗,

5、堿基要隨機分布,且引物自身和引物之間不能有連續(xù)4個堿基的互補。

6、盡量在基因的編碼區(qū)(CDS序列)上設計引物,限制基因組DNA擴增。

7、使用BLAST檢索,確認引物特異性。

以上就是有關于PCR引物設計要遵循什么原則的問題解答,如果你想了解更多請咨詢百奧創(chuàng)新客服哦!


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