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基因測序是通過對生物體的核酸序列進(jìn)行檢測,從而在分子和基因?qū)用鎸?shí)現(xiàn)對生物體的進(jìn)階分析與解讀。對于人類而言,究其根本都含有23對染色體、2.5萬個(gè)基因編碼、30億個(gè)堿基對組成的bio-data綜合體。測序技術(shù)的不斷進(jìn)步使人類可以破解生命的密碼,是分子生物學(xué)迅速發(fā)展的強(qiáng)大推動(dòng)力之一。近半世紀(jì)以來隨著基因測序技術(shù)的發(fā)展不斷有所突破,該技術(shù)也由初始的一代測序發(fā)展到四代測序,那么接下來一起來學(xué)習(xí)一下基因測序技術(shù)的發(fā)展歷程吧!
一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序,也稱為Sanger測序。在1977年完成第一個(gè)基因組序列(噬菌體X174),全長共計(jì)5375個(gè)堿基。2001年完成的第一個(gè)人類基因組圖譜就是以改進(jìn)了的Sanger法為其測序基礎(chǔ)。
Sanger測序原理:在4個(gè)DNA合成反應(yīng)體系(含dNTP)中分別加入一定比例帶有標(biāo)記的ddNTP(分為:ddATP、ddCTP、ddGTP和ddTTP),通過凝膠電泳和放射自顯影后可以根據(jù)電泳帶的位置確定待測分子的DNA序列。由于ddNTP的2’和3’都不含羥基,其在DNA的合成過程中不能形成磷酸二酯鍵,因此可以用來中斷DNA合成反應(yīng)。
一代測序雖然準(zhǔn)確度十分高,且該技術(shù)在當(dāng)下依然被廣泛應(yīng)用(比如構(gòu)建載體做克隆,基因敲除等實(shí)驗(yàn)都可以用到),但是通量太低,所以對于大片段或者全外顯子等非常耗時(shí),且很多情況下成本較高。
二代測序技術(shù),又稱為Next Generation Sequencing(NGS)技術(shù),是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的,能夠同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA分子進(jìn)行測序,實(shí)現(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。二代測序技術(shù)在大幅提高了測序速度的同時(shí),還大大地降低了測序成本,并且保持了高準(zhǔn)確性,以前完成一個(gè)人類基因組的測序需要3年時(shí)間,而使用二代測序技術(shù)則僅僅需要1周,但其序列讀長方面比起第一代測序技術(shù)則要短很多,大多只有100bp-150bp。二代測序技術(shù)雖然通量很高,但是讀長實(shí)在太短,主流的Illumina測序儀,常規(guī)模式只能測PE150的長度,靠著軟件算法上的進(jìn)步才得以可用。由此三代測序走上了歷史舞臺(tái)。
三代測序主要有兩種技術(shù):SMRT和Oxford Nanopore Technologies的納米孔單分子測序技術(shù),這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達(dá)到幾十kb的級(jí)別,遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于二代測序技術(shù)。與前兩代相比,他們最大的特點(diǎn)就是單分子測序,測序過程無需進(jìn)行PCR擴(kuò)增。SMRT技術(shù)的測序速度很快,每秒約10個(gè)dNTP。但這么快的測序速度也帶來了一些明顯的缺點(diǎn)——測序錯(cuò)誤率比較高(這幾乎是目前單分子測序技術(shù)的通?。梢赃_(dá)到10%-15%,而且以隨機(jī)的缺失序列和錯(cuò)位居多。
四代測序是將在某一面上含有一對電極的特殊脂質(zhì)雙分子層置于一個(gè)微孔之上,該雙分子層中含有很多由α溶血素蛋白組成的納米孔(直徑2.6nm),只能容納一個(gè)核苷酸通過,并且每個(gè)納米孔會(huì)結(jié)合一個(gè)核酸外切酶。當(dāng)DNA模板進(jìn)入孔道時(shí),孔道中的核酸外切酶會(huì)“抓住”DNA分子,順序剪切掉穿過納米孔道的DNA堿基,每一個(gè)堿基通過納米孔時(shí)都會(huì)產(chǎn)生一個(gè)阻斷,根據(jù)阻斷電流的變化就能檢測出相應(yīng)堿基的種類,從而進(jìn)行實(shí)時(shí)測序,最終得到DNA分子的序列。以O(shè)xford Nanopore Technologies為代表的納米孔測序技術(shù)與其他測序技術(shù)不同的是,它基于電信號(hào)而不是光信號(hào)。經(jīng)歷了三個(gè)主要的技術(shù)革新:一、單分子DNA從納米孔通過;二、納米孔上的酶對于測序分子在單核苷酸精度的控制;三、單核苷酸的測序精度控制。
以上就是關(guān)于基因測序技術(shù)的發(fā)展歷程,如果你有更多問題請咨詢百奧創(chuàng)新客服哦!
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