PCR在分子克隆和DNA分析中有多種用途,下面就向大家介紹PCR實(shí)驗(yàn)方法步驟:
方法
1:在冰浴中,按以下次序?qū)⒏鞒煞旨尤胍粺o(wú)菌0.5ml離心管中。
10×PCR buffer
5 μl dNTP mix (2mM)
4 μl 引物1(10pM)
2 μl 引物2(10pM)
2 μl Taq酶 (2U/μl)
1 μl DNA模板(50ng-1μg/μl)
1 μl 加ddH2O至 50 μl
產(chǎn)品名稱 | 規(guī)格 | 貨號(hào) |
ROX參比染料 | 50 μL/200 μL/500 μL/1 mL | BJP1115 |
熒光定量PCR原理:
產(chǎn)品僅用于科研熒光定量PCR早稱TaqMan PCR,后來(lái)也叫Real-Time PCR,是美國(guó)PE(Perkin Elmer)公司1995年研制出來(lái)的一種新的核酸定量技術(shù)。該技術(shù)是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上加入熒光標(biāo)記探針或相應(yīng)的熒光染料來(lái)實(shí)現(xiàn)其定量功能的。其原理:隨著PCR反應(yīng)的進(jìn)行,PCR反應(yīng)產(chǎn)物不斷累計(jì),熒光信號(hào)強(qiáng)度也等比例增加。每經(jīng)過(guò)一個(gè)循環(huán),收集一個(gè)熒光強(qiáng)度信號(hào),這樣我們就可以通過(guò)熒光強(qiáng)度變化監(jiān)測(cè)產(chǎn)物量的變化,從而得到一條熒光擴(kuò)增曲線圖。
一般而言,熒光擴(kuò)增曲線可以分成三個(gè)階段:熒光背景信號(hào)階段,熒光信號(hào)指數(shù)擴(kuò)增階段和平臺(tái)期。在熒光背景信號(hào)階段,擴(kuò)增的熒光信號(hào)被熒光背景信號(hào)所掩蓋,無(wú)法判斷產(chǎn)物量的變化。而在平臺(tái)期,擴(kuò)增產(chǎn)物已不再呈指數(shù)級(jí)的增加,PCR 的終產(chǎn)物量與起始模板量之間沒(méi)有線性關(guān)系,根據(jù)終的 PCR 產(chǎn)物量也不能計(jì)算出起始 DNA 拷貝數(shù)。只有在熒光信號(hào)指數(shù)擴(kuò)增階段, PCR產(chǎn)物量的對(duì)數(shù)值與起始模板量之間存在線性關(guān)系,我們可以選擇在這個(gè)階段進(jìn)行定量分析。為了定量和比較的方便,在實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 技術(shù)中引入了兩個(gè)非常重要的概念:熒光閾值和 CT值。
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實(shí)時(shí)熒光定量PCR:
實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)有效地解決了傳統(tǒng)定量只能終點(diǎn)檢測(cè)的局限,實(shí)現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測(cè)一次熒光信號(hào)的強(qiáng)度,并記錄在電腦軟件之中,通過(guò)對(duì)每個(gè)樣品Ct值的計(jì)算,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線獲得定量結(jié)果。因此,實(shí)時(shí)熒光定量PCR無(wú)需內(nèi)標(biāo)是建立在兩個(gè)基礎(chǔ)之上的:
1)Ct值的重現(xiàn)性PCR循環(huán)在到達(dá)Ct值所在的循環(huán)數(shù)時(shí),剛剛進(jìn)入真正的指數(shù)擴(kuò)增期(對(duì)數(shù)期),此時(shí)微小誤差尚未放大,因此Ct值的重現(xiàn)性*,即同一模板不同時(shí)間擴(kuò)增或同一時(shí)間不同管內(nèi)擴(kuò)增,得到的Ct值是恒定的。
2)Ct值與起始模板的線性關(guān)系由于Ct值與起始模板的對(duì)數(shù)存在線性關(guān)系,可利用標(biāo)準(zhǔn)曲線對(duì)未知樣品進(jìn)行定量測(cè)定,因此,實(shí)時(shí)熒光定量PCR是一種采用外標(biāo)準(zhǔn)曲線定量的方法。
外標(biāo)準(zhǔn)曲線的定量方法相比內(nèi)標(biāo)法是一種準(zhǔn)確的、值得信賴的科學(xué)方法。利用外標(biāo)準(zhǔn)曲線的實(shí)時(shí)熒光定量PCR是迄今為止定量準(zhǔn)確,重現(xiàn)性的定量方法,已得到*的*,廣泛用于基因表達(dá)研究、轉(zhuǎn)基因研究,藥物療效考核、病原體檢測(cè)等諸多領(lǐng)域。
定量PCR方法:
a、競(jìng)爭(zhēng)法
選擇由突變克隆產(chǎn)生的含有一個(gè)新內(nèi)切位點(diǎn)的外源競(jìng)爭(zhēng)性模板。在同一反應(yīng)管中,待測(cè)樣品與競(jìng)爭(zhēng)模板用同一對(duì)引物同時(shí)擴(kuò)增(其中一個(gè)引物為熒光標(biāo)記)。擴(kuò)增后用內(nèi)切酶消化PCR產(chǎn)物,競(jìng)爭(zhēng)性模板的產(chǎn)物被酶解為兩個(gè)片段,而待測(cè)模板不被酶切,可通過(guò)電泳或高效液相將兩種產(chǎn)物分開,分別測(cè)定熒光強(qiáng)度,根據(jù)已知模板推測(cè)未知模板的起始拷貝數(shù)。
b、內(nèi)參照法
在不同的PCR反應(yīng)管中加入已定量的內(nèi)標(biāo)和引物,內(nèi)標(biāo)用基因工程方法合成。上游引物用熒光標(biāo)記,下游引物不標(biāo)記。在模板擴(kuò)增的同時(shí),內(nèi)標(biāo)也被擴(kuò)增。在PCR產(chǎn)物中,由于內(nèi)標(biāo)與靶模板的長(zhǎng)度不同,二者的擴(kuò)增產(chǎn)物可用電泳或高效液相分離開來(lái),分別測(cè)定其熒光強(qiáng)度,以內(nèi)標(biāo)為對(duì)照定量待檢測(cè)模板。
c、PCR-ELISA法
利用di高辛或生物素等標(biāo)記引物,擴(kuò)增產(chǎn)物被固相板上特異的探針?biāo)Y(jié)合,再加入抗di高辛或生物素酶標(biāo)抗體-辣根過(guò)氧化物酶結(jié)合物,終酶使底物顯色。常規(guī)的PCR-ELISA法只是定性實(shí)驗(yàn),若加入內(nèi)標(biāo),作出標(biāo)準(zhǔn)曲線,也可實(shí)現(xiàn)定量檢測(cè)目的。
大鼠成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子10(FGF10)分析檢測(cè)試劑盒Calnexin (C5C9) Rabbit mAb (HRP Conjugate)100 ul
大鼠丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶(ALT)分析檢測(cè)試劑盒Galectin-1/LGALS1 (8A12) Mouse mAb100 ul
大鼠白介素2可溶性受體β鏈(sIL-2Rβ)分析檢測(cè)試劑盒Phospho-p130 Cas (Tyr410) Antibody100 ul
大鼠M型肌酸激酶(CKM)分析檢測(cè)試劑盒MCM3 Antibody100 ul
大鼠DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1(DNMT1)分析檢測(cè)試劑盒DPP4/CD26 (D6D8K) Rabbit mAb (IHC Formulated)100 ul
大鼠3-羥基-3-甲基戊二酰輔酶A合酶(HMGCS)分析檢測(cè)試劑盒NEDD4L Antibody100 ul
猴子補(bǔ)體蛋白4(C4)分析檢測(cè)試劑盒Phospho-p130 Cas (Tyr249) Antibody100 ul
猴環(huán)磷酸鳥苷(cGMP)分析檢測(cè)試劑盒CREB (48H2) Rabbit mAb (PE Conjugate)100 ul
猴促腎上腺皮質(zhì)激素(ACTH)分析檢測(cè)試劑盒Phospho-p130 Cas (Tyr165) Antibody100 ul
倉(cāng)鼠組織蛋白酶K(cath-K)分析檢測(cè)試劑盒TCL1 (1-21) Mouse mAb100 ul
海獅雌二醇(E2)分析檢測(cè)試劑盒α-Amylase Antibody100 ul
人結(jié)腸粘膜上皮細(xì)胞現(xiàn)貨供應(yīng)PJA2 Antibody100 ul
人肝動(dòng)脈平滑肌細(xì)胞報(bào)價(jià)MCM7 Antibody100 ul
人卵巢成纖維細(xì)胞報(bào)價(jià)Tau (Tau46) Mouse mAb20 ul
人子宮頸上皮細(xì)胞價(jià)格Tau (Tau46) Mouse mAb100 ul
人輸尿管上皮細(xì)胞現(xiàn)貨供應(yīng)Phospho-Na100 ul
人腎系膜細(xì)胞報(bào)價(jià)PD-L1 (Extracellular Domain Specific) (D8T4X) Rabbit mAb (Alexa Fluor® 555 Conjugate)100 ul
ROX參比染料Prauserella│sp.分離基物: 鹽堿土凍干物安全等級(jí): 1模式菌株: no培養(yǎng)基: 38生長(zhǎng)條件: 37℃存儲(chǔ)條件: 液氮超低溫凍結(jié)法;-80℃冰箱凍結(jié)法;真空冷凍干燥法
西弗冠孢酵母種屬: Stephanaascus│ciferrii分離基物: 豬盲腸斜面培養(yǎng)物安全等級(jí): 1模式菌株: no培養(yǎng)基: 0436生長(zhǎng)條件: 25-28℃存儲(chǔ)條件: 真空冷凍干燥法;礦物油法
Rhizoctonia│cerealis斜面培養(yǎng)物安全等級(jí): 1模式菌株: no培養(yǎng)基: 0014生長(zhǎng)條件: 25℃
Aspergillus│niger凍干物安全等級(jí): 1模式菌株: no培養(yǎng)基: 14生長(zhǎng)條件: 28℃存儲(chǔ)條件: 定期移植法
Aspergillus│clavatonanicus凍干物安全等級(jí): 1模式菌株: no培養(yǎng)基: 0015生長(zhǎng)條件: 25-28℃存儲(chǔ)條件: 液氮超低溫凍結(jié)法;真空冷凍干燥法
Glomerella│graminicola D.J. Politis分離基物: 禾草斜面培養(yǎng)物安全等級(jí): 1模式菌株: no培養(yǎng)基: 14生長(zhǎng)條件: 25存儲(chǔ)條件: 定期移植法
Micromonospora│sp.分離基物: 樹根土斜面培養(yǎng)物安全等級(jí): 1模式菌株: no應(yīng)用領(lǐng)域: 抗細(xì)菌;抗金黃色葡萄球菌;抗枯草芽孢桿菌培養(yǎng)基: CM0012生長(zhǎng)條件: 35-37C存儲(chǔ)條件: 真空冷凍干燥
Aspergillus│sp.分離基物: 土壤斜面培養(yǎng)物安全等級(jí): 1模式菌株: no應(yīng)用領(lǐng)域: 生理活性物質(zhì);抗凝血培養(yǎng)基: CM0018生長(zhǎng)條件: 28C存儲(chǔ)條件: -80℃冰箱凍結(jié)
Escherichia│coli分離基物: 鴨肝臟病料凍干物安全等級(jí): 2模式菌株: no應(yīng)用領(lǐng)域: 用于科研培養(yǎng)基: 335生長(zhǎng)條件: 37存儲(chǔ)條件: 真空冷凍干燥法;
實(shí)驗(yàn)過(guò)程:
一、試劑準(zhǔn)備
1. DNA模板
2.對(duì)應(yīng)目的基因的特異引物(在PCR反應(yīng)中,新合成的DNA是要接在一小段序列上才能繼續(xù)按照模板DNA復(fù)制,而不能從無(wú)到有,憑空合成。這一小段序列就是你所要有設(shè)計(jì)的引物。可以是DNA也可以是RNA,一般20多bp,需要根據(jù)你的模板鏈設(shè)計(jì)。因此,擴(kuò)增不同的基因需要設(shè)計(jì)不同的引物)
3.10×PCR Buffer
4.2mM dNTPmix:含dATP、dCTP、dGTP、dTTP各2mM
5.Taq酶
二、操作步驟
1.在冰浴中,按以下次序?qū)⒏鞒煞旨尤胍粺o(wú)菌0.5ml離心管中。
10×PCR buffer 5μl
dNTP mixl 4μl
引物1(10pM) 2μl
引物2(10PM) 2μl
Taq酶(2U/μl) 1μl
DNA模板(50ng-1μg/μl) 1 μl
加ddH2O至 50 μl
視PCR儀有無(wú)熱蓋,不加或添加石蠟油。
2.調(diào)整好反應(yīng)程序。將上述混合液稍加離心,立即置PCR儀上,執(zhí)行擴(kuò)增。一般:在93℃預(yù)變性3-5min,進(jìn)入循環(huán)擴(kuò)增階段:93℃ 40s → 58℃ 30s → 72℃ 60s,循環(huán)30-35次,zui后在72℃ 保溫7min。
3.結(jié)束反應(yīng),PCR產(chǎn)物放置于4℃待電泳檢測(cè)或-20℃長(zhǎng)期保存。
4.PCR的電泳檢測(cè):如在反應(yīng)管中加有石蠟油,需用100μlLuFang進(jìn)行抽提反應(yīng)混合液,以除去石蠟油;否則,直接取5-10μl電泳檢測(cè)。
三、注意事項(xiàng)
1.PCR反應(yīng)應(yīng)該在一個(gè)沒(méi)有DNA污染的干凈環(huán)境中進(jìn)行。設(shè)立一個(gè)的PCR實(shí)驗(yàn)室。
2.純化模板所選用的方法對(duì)污染的風(fēng)險(xiǎn)有極大影響。一般而言,只要能夠得到可靠的結(jié)果,純化的方法越簡(jiǎn)單越好。
3.所有試劑都應(yīng)該沒(méi)有核酸和核酸酶的污染。操作過(guò)程中均應(yīng)戴手套。
4.PCR試劑配制應(yīng)使用zui高質(zhì)量的新鮮雙蒸水,采用0.22μm濾膜過(guò)濾除菌或高壓滅菌。
5.試劑都應(yīng)該以大體積配制,試驗(yàn)一下是否滿意,然后分裝成僅夠一次使用的量?jī)?chǔ)存,從而確保實(shí)驗(yàn)與實(shí)驗(yàn)之間的連續(xù)性。
6.產(chǎn)品僅用于科研試劑或樣品準(zhǔn)備過(guò)程中都要使用一次性滅菌的塑料瓶和管子,玻璃器皿應(yīng)洗滌干凈并高壓滅菌。
7.PCR的樣品應(yīng)在冰浴上化開,并且要充分混勻。