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循環(huán)參數(shù):
1.預(yù)變性
模板DNA wan全變性與PCR酶的wan全激活對PCR能否成功至關(guān)重要,建議加熱時間參考試劑說明書,一般未修飾的Taq酶激活時間為兩分鐘。
2.變性步驟
循環(huán)中一般95℃,30秒足以使各種靶DNA序列wan全變性,可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性,過短靶序列變性不徹di,易造成擴增失敗。
3.引物退火
退火溫度需要從多方面去決定,一般根據(jù)引物的Tm值為參考,根據(jù)擴增的長度適當(dāng)下調(diào)作為退火溫度。然后在此次實驗基礎(chǔ)上做出預(yù)估。退火溫度對PCR的特異性有較大影響。
4.引物延伸
引物延伸一般在72℃進行(Taq酶最適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生設(shè)定為1min/kbp。
5.循環(huán)數(shù)
大多數(shù)PCR含25-35循環(huán),過多易產(chǎn)生非特異擴增。
6.最后延伸
在最后一個循環(huán)后,反應(yīng)在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸wan全,并使單鏈產(chǎn)物退火成雙鏈。
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