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想要以高成功率獲取特異性好、有效性高的抗體，第一步抗原設計至關重要。

目前，用于免疫抗體的抗原一般有多肽抗原和重組抗原。兩種抗原各有優(yōu)劣，多肽抗原理論上來說可以產生高特異性、針對特定抗原表位的抗體；缺點是免疫原性較低，需要和載體偶聯(lián)以增強免疫原性，這增加了抗原制備成本，另外還會產生大量針對載體的非特異性抗體，增加了后續(xù)純化和篩選成本。重組抗原免疫原性強，包含抗原表位多，用于制備抗體，相對成功率較高；但也有缺點，重組抗原一般采用大腸桿菌表達系統(tǒng)，原核表達系統(tǒng)的蛋白質折疊方式與真核生物的有所差異，另外有時并不能獲取可溶性的抗原，進一步導致所獲抗原與目的蛋白抗原的抗原表位并不*一致，從而產生出一些非特異性的抗體，而這些非特異抗體在后期的純化過程中是很難被排除掉的。

設計抗原時，多肽抗原一般選擇12~30個左右的氨基酸，重組抗原一般為長度在100個氨基酸以上的部分或者全長蛋白。無論選擇設計哪一種抗原，我們都要遵循以下幾個基本原則：

1.確定所需抗體的用途

明確所需抗體的用途對抗原設計有很大的影響。例如：如果需要利用得到的抗體來研究目的蛋白的特定區(qū)域，如C端或N端，那么抗原序列的選擇就應集中在這一區(qū)域；如果想要用抗體來研究一種特定狀態(tài)下的蛋白，如磷酸化等，抗原設計的選擇性更小了，只有選擇該點位附近的合適氨基酸序列來設計多肽抗原。

2.抗原序列區(qū)域的選擇原則

一般說來最佳的抗原表位識別區(qū)域應具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點。因為在大多數(shù)的天然（自然）環(huán)境中，親水區(qū)域傾向于集中在蛋白表面，而疏水區(qū)域常常被包裹在蛋白內部。那么，我們在設計的抗原的時候，如果選擇這些具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點的區(qū)域的話，則有利于抗原產生與目的蛋白相同的抗原表位，從而出高親和力，高特異性的抗體。

3.連續(xù)的與不連續(xù)的識別區(qū)域

大多數(shù)抗體是針對連續(xù)識別區(qū)域的，抗體能與這類區(qū)域以很高的親和力相結合表明這段序列不在蛋白內部。不連續(xù)的識別區(qū)域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是將兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識別區(qū)域。在某些情況下，針對這樣不連續(xù)識別區(qū)域的抗體也能產生，只是用來免疫的抗原多肽必須具備與該不連續(xù)識別區(qū)域相似的二級結構，而序列的長度需要符合相關的要求。

4.避免識別區(qū)域隱藏在蛋白內部

為了避免識別區(qū)域隱藏在蛋白內部的風險，通常選擇蛋白的N，C兩端來產生的相應的抗體。因為在完整的蛋白中，N、C兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不適合作為抗原。