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為進(jìn)一步規(guī)范和加強(qiáng)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)和運(yùn)行管理，2008年8月29日，科技部、財(cái)政部聯(lián)合發(fā)布了《國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)與運(yùn)行管理辦法》。

    國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室計(jì)劃從1984年開始組織實(shí)施，近年得到了快速發(fā)展，現(xiàn)有國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室220個(gè)，固定人員1萬(wàn)余人，儀器設(shè)備總值80多億元。在統(tǒng)籌部署、適度新建、定期評(píng)估、擇優(yōu)支持、動(dòng)態(tài)管理等創(chuàng)新制度的推動(dòng)下，國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)成為我國(guó)組織開展高水平基礎(chǔ)研究和前沿技術(shù)研究、聚集和培養(yǎng)科學(xué)家、開展學(xué)術(shù)交流的重要基地，在科學(xué)前沿探索和解決國(guó)家重大需求問(wèn)題方面均做出了突出貢獻(xiàn)。原來(lái)的《國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)與管理暫行辦法》（2002年）已執(zhí)行六年，得到了科技界的廣泛認(rèn)同，對(duì)規(guī)范國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)和運(yùn)行管理發(fā)揮了重要作用。

    《國(guó)家中長(zhǎng)期科學(xué)和技術(shù)發(fā)展規(guī)劃綱要（2006-2020年）》明確指出，“加強(qiáng)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)，不斷提高其運(yùn)行和管理的整體水平。”為貫徹落實(shí)十七大精神和《規(guī)劃綱要》，進(jìn)一步加強(qiáng)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)，國(guó)家從2008年起設(shè)立了國(guó)家（重點(diǎn)）實(shí)驗(yàn)室專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)，從開放運(yùn)行、自主選題研究和科研儀器設(shè)備更新三方面，加大國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室穩(wěn)定支持的力度。設(shè)立專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)有利于營(yíng)造寬容失敗、摒棄浮躁、潛心研究的科研環(huán)境，是國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室又好又快發(fā)展的重要保障，標(biāo)志著國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)入了新的發(fā)展階段。專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)的設(shè)立對(duì)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的管理提出了新的要求，為適應(yīng)新的形勢(shì)，在總結(jié)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室計(jì)劃組織實(shí)施經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，科技部聯(lián)合財(cái)政部對(duì)原管理辦法進(jìn)行了修訂，并多次征求有關(guān)部門和國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室代表的意見，修訂工作歷時(shí)近一年。

    新的《國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)與運(yùn)行管理辦法》主要修訂內(nèi)容包括：*，明確提出中央財(cái)政設(shè)立專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)，

支持國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室開放運(yùn)行、科研儀器設(shè)備更新和自主創(chuàng)新研究。第二，針對(duì)專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)的支持范疇，明確了自主研究課題、訪問(wèn)學(xué)者制度、科研儀器設(shè)備更新和自主研制等內(nèi)容的程序、要求和辦法；第三，提出實(shí)驗(yàn)室的建設(shè)、運(yùn)行和發(fā)展要堅(jiān)持穩(wěn)定支持、動(dòng)態(tài)調(diào)整和定期評(píng)估的原則，并提出相應(yīng)措施；第四，進(jìn)一步加強(qiáng)對(duì)實(shí)驗(yàn)室的日常管理，增加年度計(jì)劃和總結(jié)、對(duì)部分實(shí)驗(yàn)室抽查等內(nèi)容，建立運(yùn)行管理中的“預(yù)警機(jī)制”；第五，進(jìn)一步強(qiáng)化對(duì)學(xué)術(shù)委員會(huì)的要求，確保學(xué)術(shù)委員會(huì)發(fā)揮作用；第六，進(jìn)一步強(qiáng)化依托單位職責(zé)，明確依托單位應(yīng)優(yōu)先支持實(shí)驗(yàn)室發(fā)展。新的管理辦法還強(qiáng)調(diào)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室設(shè)備共享、數(shù)據(jù)共享、科學(xué)普及、成果轉(zhuǎn)化、與企業(yè)合作等內(nèi)容。

    科技部、財(cái)政部還將聯(lián)合制定發(fā)布《國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)管理辦法》，規(guī)范專項(xiàng)經(jīng)費(fèi)的管理，提高資金使用效率。