研究人員近日開(kāi)發(fā)出一種全基因組范圍的測(cè)序分析，可定位DNA切除修復(fù)。這項(xiàng)研究在60億個(gè)堿基對(duì)中，挑選出一個(gè)位點(diǎn)，我們將告訴你它是如何修復(fù)的。

    當(dāng)紫外線（UV）或其他一些物質(zhì)造成基因組損傷時(shí)，此位點(diǎn)的一些DNA片段被切下，隨后與TFIIH蛋白結(jié)合。利用與酶結(jié)合的抗體，研究人員能夠分離出DNA片段-蛋白質(zhì)復(fù)合物，并將它們拉出細(xì)胞，進(jìn)行測(cè)序。然后研究人員能夠?qū)⑵味ㄎ换鼗蚪M中，顯示DNA修復(fù)發(fā)生在哪個(gè)位置。

    據(jù)研究人員介紹，對(duì)于細(xì)胞中兩種類型的UV誘導(dǎo)損傷：環(huán)丁烷嘧啶二聚體（CPD）和(6-4)嘧啶-嘧啶酮光產(chǎn)物（(6-4)PPs），XR-seq能夠產(chǎn)生核苷酸分辨率的修復(fù)圖譜。他們發(fā)現(xiàn)，在野生型細(xì)胞中，CPD修復(fù)是與轉(zhuǎn)錄高度相關(guān)的，特別是模板鏈。

    研究表明，細(xì)胞中不編碼蛋白質(zhì)的DNA調(diào)控區(qū)域也被修復(fù)。如果它們被修復(fù)，那么它們可能是很重要的。如今，我們正在尋找它們?cè)谡麄€(gè)基因組中的位置。

    此外，研究人員表示，這種分析也能發(fā)現(xiàn)癌細(xì)胞中修復(fù)DNA損傷的特定機(jī)制。他們?cè)谖闹袑?xiě)道，XR-seq以及所產(chǎn)生的修復(fù)圖譜將有助于研究基因組位置、染色體背景、轉(zhuǎn)錄和復(fù)制對(duì)DNA修復(fù)的影響。

    這項(xiàng)研究詳細(xì)介紹了利用測(cè)序方法來(lái)檢測(cè)DNA中的雙鏈斷裂，包括基因組編輯的核酸酶所產(chǎn)生的。這種被稱為GUIDE-seq的方法利用一種短雙鏈寡核苷酸來(lái)標(biāo)記CRISPR-Cas誘導(dǎo)的脫靶斷裂，測(cè)序這些標(biāo)簽所在的基因組區(qū)域，就能夠確定脫靶突變的位置。