鼠疫菌有一個(gè)已知的進(jìn)化祖先——假結(jié)核耶爾森菌。假結(jié)核耶爾森菌在進(jìn)化到鼠疫菌ELISA試劑盒的過(guò)程中獲得了兩個(gè)質(zhì)粒，這兩個(gè)質(zhì)粒賦予了鼠疫菌新的致病特性，同時(shí)還導(dǎo)致了很多基因方面的變化。
   研究該從何入手是關(guān)鍵。在此之前，國(guó)外已測(cè)定了兩株對(duì)人高致病的鼠疫菌的序列。因此我們?cè)谘芯繒r(shí)首先想到的是我國(guó)內(nèi)蒙地區(qū)對(duì)人致病性低的鼠疫菌。我們通過(guò)全基因ELISA試劑盒組測(cè)序找到與致病基因相關(guān)的片段，開(kāi)啟了鼠疫菌的基因組研究。
   測(cè)序之后為了進(jìn)一步了解更多的菌株信息，我們做了一張全基因組芯片，開(kāi)展了基因組學(xué)對(duì)比的研究，同時(shí)還研究導(dǎo)致基因多態(tài)性的重組序列和SNPs等片段的變化。后來(lái)我們跟美國(guó)的GCBI合作對(duì)中國(guó)四種遺傳病的四種菌進(jìn)行檢測(cè)，做了鼠疫菌全基因組SNPs掃描分析，并做了鼠疫菌之間關(guān)聯(lián)性的分析。
   09年二代測(cè)序興起后，我們對(duì)中國(guó)200多株鼠疫菌進(jìn)行測(cè)序。隨著基因測(cè)序的價(jià)格越來(lái)越低，后來(lái)我們幾乎對(duì)全國(guó)所有的鼠疫菌都進(jìn)行了測(cè)序，目的是研究鼠疫菌進(jìn)化背后的動(dòng)力，不光是探討其之間的親緣關(guān)系。因此我們將全國(guó)不同疫源地鼠疫菌的進(jìn)化與不同地區(qū)的地土植被、歷*氣溫、氣候降雨霜降等做了關(guān)聯(lián)分析。
   通過(guò)鼠疫菌SNPs分析，我們用基因組的方法摸清了歷*鼠疫傳播的規(guī)律。第三次鼠疫大爆發(fā)在中國(guó)從香港通過(guò)貿(mào)易傳播出去，通過(guò)哪條船傳播到哪些地區(qū)等這些途徑都由SNPs勾勒出來(lái)。zui后我們確定第二次大流行跟絲綢思路有關(guān)系，而*次大流行跟鄭和下西洋有關(guān)。
   無(wú)論是過(guò)去還是現(xiàn)在，傳染病的大流行都和人類密切相關(guān)。只是現(xiàn)在的傳播速度比以前快，過(guò)去靠駱駝和船只將鼠疫病毒帶到非洲。因此我們用基因組學(xué)ELISA試劑盒的方法勾勒出了鼠疫傳染的規(guī)律。從這些傳播路徑來(lái)看，中國(guó)不光是四大文明發(fā)源地，還可能是鼠疫的發(fā)源地。